2009年11月5日，科技部、上海市人民政府在上海举行了2009部市工作会商会议。全国政协副主席、科技部部长万钢，中共上海市委副书记、市长韩正出席会议并讲话。上海市副市长沈晓明主持会议。
万钢部长在讲话中充分肯定了上海市科技工作，特别是在优化科技创新环境、承担国家重大科技任务、科技支撑经济社会发展等方面所取得的成绩。他指出，面对上海发展的新形势、新机遇，科技部将深入贯彻落实科学发展观，以部市会商为平台，进一步加强与上海市的合作与互动，促进上海科技创新。希望上海认真贯彻落实《国务院关于发挥科技支撑作用，促进经济平稳较快发展的意见》，进一步营造良好的科技创新环境和氛围，加强“世博科技”成果的应用和展示，切实抓好重大专项的实施，推动新能源、新材料、新能源汽车、生物医药、第三代移动通信、三网融合等新兴战略性产业，加强科技服务民生和生态环境等工作，加快长三角区域创新体系建设和区域协同发展，为创新型国家建设作出突出贡献。
韩正说，当前上海正处在结构调整和经济转型的关键时期，必须更加注重经济运行的质量和效益、更加注重民生工作、更加注重环境建设，这些工作都需要得到科技部的大力支持、帮助和指导。上海将在部市合作框架下，进一步深化与科技部的合作领域，不断完善合作机制，创新合作形式，加快推进创新型城市建设。下一步上海推进五个重点领域的工作：服务国家战略目标，全力以赴承接和实施国家重大专项任务；培育战略性新兴产业，不断加强前瞻科技布局；实施技术创新工程，努力推进高新技术成果转化；深化张江高新区“二次创业”，着力优化科技创新创业环境；编制好上海“十二五”规划，精心谋划部署新一轮部市合作重点。
在过去一年中，经双方共同推进，部市合作工作取得重要进展。一是世博科技成果的集成应用让世博更精彩。如半导体照明、新能源汽车、节能建筑等技术和产品的应用示范，为低碳世博提供支撑。二是上海在国家重大专项中承担重任，集成电路、重大新药创制等专项的攻关取得实质进展。三是下一代广播电视网，城市医疗信息共享服务系统等成果在扩内需、保增长、调结构、上水平、惠民生中发挥重要支撑作用。四是研发加计扣除、自主创新产品政府采购等创新政策的落实，以及研发公共服务平台创新创业服务功能的拓展和完善，进一步优化了创新创业环境。
会上，科技部与上海市围绕“加快培育战略性新兴产业”、“开展崇明生态岛绿色经济试点示范”、“全面实施技术创新工程”、“进一步完善创新创业环境”等合作重点，进行了深入的沟通并达成了一致的意见。
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