2016年，科技部、财政部启动实施中央引导地方科技发展专项资金（以下简称专项资金），通过专项转移支付的方式，支持地方科技部门围绕国家科技创新重大决策部署和区域创新驱动发展，在地方科研基础能力、地方科技创新支撑平台、地方创新创业服务机构、公益性科技成果转化等四方面实施一批科技创新项目。安徽省紧扣专项资金引导支持方向，把夯实县域科技服务能力、推动县域科技创新发展作为支持重点，出实招、有创新、成效好，2017年被国务院办公厅表扬。主要做法如下：
坚持问题导向，专项资金聚焦县域创新。安徽省共有105个县（市、区），县域经济占全省的比重达48.1%。县域创新能力薄弱是安徽省科技创新发展的短板，也是制约县域经济发展主要问题之一。为此，安徽在谋划专项资金规划时，着力强化了夯实县域科技服务能力的提升。一是对国家和省扶贫开发工作重点县（区）符合条件的项目，奖补资金补助金额上浮20%。省级重大科技专项、重点研发计划项目等，县域占比原则上不低于30%。二是省科技重大专项中，设立皖北和贫困地区专项，支持省内高校院所与县域开展项目合作。三是省级科技一般性转移支付经费，专项用于支持皖北及县域科技创新，累计支持科技项目150余项、经费9000多万元。
强化制度建设，规范专项资金的管理和使用。一是强化组织领导。省科技厅、省财政厅联合成立了专项实施工作小组，工作小组由省科技厅分管负责人任组长，省财政厅教科文处、省科技厅相关处室负责同志为成员，工作小组办公室设在省科技厅条财处。二是强化管理制度建设。省财政厅、省科技厅联合印发《安徽省中央引导地方科技发展专项资金管理实施细则》，对专项资金管理机构及职责分工、支持范围与方式、项目和预算管理、监督与绩效等方面进行了规范。此外，还制定专项资金具体项目管理制度，出台了《安徽省科技特派员工作站备案管理办法》等相关制度。三是强化公开透明。项目实施重点抓公开透明机制，公开项目申报条件和要求。项目评审（评估）专家均从专家库中随机抽取。专项三年滚动规划、实施方案、项目评估（评审）方案、项目安排等均通过省科技厅会议集体研究审定。
开展绩效评价，突出县域创新特色，发挥专项资金的牵引作用。为强化专项资金绩效管理，安徽省建立起项目承担单位自评、归口管理单位监督、省科技厅项目主管处室审核、社会中介机构复查相衔接的专项资金绩效评价机制。我们针对各县科技创新的需求和短板，突出县域创新特色进行支持，专项资金力求用在刀刃上发挥牵引作用。一是针对县域创业平台和创新载体特色，依托已有农业科技园区、科技孵化器（众创空间）、生产力促进中心、“星创天地”、科技服务机构进行支持。二是针对县域创新驱动精准扶贫特色，依托已有科技特派员工作站（新农村研究院）进行支持，探索建立“科技特派员+能人大户+贫困户”等精准扶贫方式。
通过专项资金的引导和撬动，有效带动了省、市财政资金对县域创新的支持，总计投入经费达6亿元，有力促进了安徽省县域特色产业创新发展。从现场复查和绩效评价结果看，专项资金使用总体情况良好，有效带动了全省的县域创新驱动发展，推动支持1550家企业孵化，提供技术咨询和服务2万多人次，转化推广新品种、新技术200多个（项）。
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