“十一五”期间，国际科技合作计划要立足于我国全面建设小康社会的紧迫需求、世界科技发展趋势和我国国力，把握国际科技合作战略重点，紧密围绕《规划纲要》确定的5个战略重点、16个重大专项、11个重点领域、8个前沿技术和基础研究，加强与国家其它科技计划的衔接和配合，全方位地开展多种形式的对外科技合作与交流，学习和借鉴国外先进经验和成果，引进和培养一批高水平的科技人才，凝聚一批国际顶尖专家，解决制约我国科技、经济和社会发展的重大科学问题和关键技术瓶颈，为《规划纲要》的贯彻落实提供支撑，提高国际科技合作计划的针对性和服务国家战略的有效性。
一是以发展能源、水资源和环境保护技术为优先合作重点，为解决制约国民经济发展的重大瓶颈问题提供支撑；二是以保障食品安全、优化农产品结构、提高人民健康水平为重点，以生物技术合作为突破口，全面加强国际合作；三是围绕产业升级，以国际科技合作促进信息技术、新材料技术和先进制造技术，提高重大装备和产品制造的自主创新能力；四是大力促进基础科学与前沿技术的国际合作，在我国具有优势和特色的重点领域取得一批创新成果。
“十一五”国际科技合作计划重点合作领域和重点国别是在广泛调研基础上以科学的统计方法确定的，对制定国际科技合作国别政策和领域政策，有目的、有计划地开展国际合作具有重要的指导意义，并对民间合作给予明确的指导。
