昌吉市不断抢抓中央推进新疆跨越式发展和长治久安的重大历史新机遇，围绕重点产业与重大科技课题，以企业为主体，指导和鼓励企业加大科研投入，建立有利于技术创新、成果转化的机制，积极搭建科技创新平台和试验研究检测平台。
近五年来，昌吉市工程技术研究中心由10家发展到18家，其中依托特变电工股份有限公司组建的“国家特高压变压器工程技术研究中心”于2014年9月通过国家科技部批复，实现了昌吉市国家级工程技术研究中心零的突破；建成企业技术中心国家级4家、自治区级28家、自治州级11家；工程实验室国家级2家、自治区级4家，实现了从无到有；拥有博士后工作站国家级5家、自治区级3家；院士工作站从1家发展到3家；牵头组建了玉米、番茄、肉羊、石化下游4家自治区级产业技术创新战略联盟，引导2家企业加入自治区产业技术创新战略联盟。此外，积极鼓励企业以购买、入股、参股等形式与内地高等院校建立研发机构，如特变电工在印度、塔吉克斯坦、沈阳、上海、湖南等地成立了科研中心；九圣禾在北京、河南、辽宁和新疆建立了4个种业研究院；新华能购买了西安四方华能公司成立了新疆新华能电气股份有限公司西安研发中心；中粮屯河在广西、北京建立了营养研究院；昌农种业在河北、四川、广西等地建立了研发中心。
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