近年来昌吉市紧紧围绕社会稳定和长治久安总目标，深入落实创新驱动发展战略，持续推进科技兴市和自主创新跨越发展，积极优化创新环境，集聚创新资源，推进创新体系建设，增强自主创新能力，充分发挥科学技术对经济社会发展的支撑和引领作用。
目前，拥有国家科技孵化器1家，累计入孵企业115家。众创空间国家级2家、自治区级3家。工程技术研究中心国家级1家、自治区级9家。企业技术中心国家级4家、自治区级29家。检测检验中心国家级13家、自治区级4家。工程实验室国家级2家、自治区级4家。博士后工作站国家级5家、自治区级3家，院士工作站3家。牵头组建了玉米、番茄、肉羊、石化下游4家自治区级产业技术创新战略联盟，引导2家企业加入自治区级产业技术创新战略联盟。有效期内的国家级高新技术企业达55家，占全州的62%。昌吉高新区先后获得国家级新型工业化（装备制造）产业示范基地、国家输变电装备高新技术产业化基地、国家现代节水材料高新技术产业化基地等“国字”招牌。
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