自治区财政厅、自治区科技厅共同制定了《新疆维吾尔自治区财政科研项目经费管理办法（试行）》（以下简称办法），并于2017年12月31日印发。
自治区财政厅、科技厅为贯彻《自治区党委办公厅 自治区人民政府办公厅印发<关于进一步完善自治区财政科研项目资金管理等政策的若干意见>的通知》文件精神，根据《关于改进加强自治区财政科技项目和资金管理的意见》相关规定，加强自治区财政科研项目经费管理，提高资金使用效率出台了本办法。
本试行办法有七个章节，共计36条内容。其中，第三章财政科研项目经费开支范围第11条财政科研项目经费分为直接费用和间接费用有新增内容和改动。直接费用主要包括设备费、材料费、测试化验加工费、燃料动力费、劳务费、专家咨询费等。在专家咨询费中，办法将费用提高，即专家咨询费的开支参照高级专业技术人员1500元至2400元每人每天（税后）；其他专业技术人员的专家咨询费标准为900元至1500元每人每天（税后）。会期超过两天的，按照规定标准的50%执行。此外，以通讯形式组织的咨询按次计算，每次按以会议形式咨询的专家咨询费标准的20%至50%执行，院士可按照高级专业技术职称人员的专家咨询费标准上浮50%执行。
间接费用主要包括承担科技计划（专项、基金等）任务的单位为科技计划（专项、基金等）研究提供的现有仪器设备及房屋，有关管理费用的补助支出，以及绩效支出等。其新增的绩效支出是指承担科技计划（专项、基金等）任务的单位为提高科研工作绩效安排的相关支出。间接费用使用分段超额累退比例法计算并实行总额控制，按照不超过科技计划（专项、基金等）经费中直接费用扣除设备购置费后的一定比例核定，具体比例有：500万元及以下的部分为20%；500万元至1000万元的部分为15%；1000万元以上的部分为13%。
第五章财政科研项目经费预算执行第27条有新的规定。项目通过验收后，项目承担单位应当在一个月内及时办理财务结账手续。项目完成任务目标并通过验收后，结余资金按规定留归项目承担单位使用，在2年内项目承担单位统筹安排用于科研活动的直接支出；2年后未使用完的，按规定收回。
本办法自公布起30日后执行。2009年6月印发的《新疆维吾尔自治区科技专项经费管理办法（试行）》同时废止。
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