我省水稻泛基因组学研究取得重大突破

近日，全球顶尖学术期刊Cell在线发布了四川农业大学李仕贵与钦鹏教授团队联合中科院遗传与发育生物学研究所梁承志研究员团队完成的题为“Pan-genome analysis based on 33 high-quality assemblies provides insights into hidden genomic variations in rice”（基于33个水稻遗传多样性材料的泛基因组分析揭示"隐藏"的基因组变异）的研究论文。该论文被Cell审稿人评价为“泛基因组学研究的经典之作”。

一是发现未知，揭开水稻基因变异的秘密。选取了具有高度代表性的33个水稻材料，采用最新的第三代基因测序技术，对其中31份材料进行了长片段测序、高质量基因组组装及基因注释。共鉴定到171,072个结构性变异和22,549个基因拷贝数变异，其中绝大多数基因组变异均未在先前研究中发现，但在重要农艺性状调控中发挥重要作用。揭示这些结构性变异的方向，对理解水稻的进化和驯化遗传基础有重要意义。

二是打破传统，首次构建水稻图形基因组。结合鉴定到的大量结构性变异，首次构建了水稻图形基因组，是水稻中迄今最为完整的基于图形结构的泛基因组。同时，搭建了网站RiceRC.com，便于使用基因组序列和查询遗传变异等内容，促进水稻功能基因组学和育种应用研究，并为水稻及其他作物基因组研究、种质资源的精准鉴定、优良基因的挖掘、基因功能解析、分子设计育种等研究奠定了坚实基础。