基础研究是整个科学体系的源头，是所有技术问题的总机关。内蒙古自治区党委、政府历来高度重视基础研究工作。2018年，内蒙古自治区政府印发了《关于全面加强基础科学研究的实施意见》，从完善基础研究布局、建设高水平研究基地、壮大基础研究人才队伍、提高基础研究合作开放水平、优化基础研究发展机制和环境五个方面确定16项重点任务。2020年，内蒙古自治区党委、政府印发《关于加快推进“科技兴蒙”行动支持科技创新若干政策措施》，将支持重大基础研究和原始创新作为加强科技创新供给的重要举措，在“科技兴蒙”行动中予以重点推进。
内蒙古科技厅认真贯彻落实自治区党委、政府有关决策部署，采取一系列务实举措扎实推动基础研究高质量发展：
一是加快培育国家级和自治区级重点实验室。对国家级重点实验室，每年给予不低于1000万元经费支持，出台《内蒙古自治区重点实验室建设与运行管理办法（试行）》，通过“以评促建”、动态管理等方式，不断提高重点实验室建设质量，推动重点实验室布局优化和良性发展。截至目前，自治区拥有国家级重点实验室3家，自治区级重点实验室148家，积极推进乳品、蒙医药2家实验室创建省部共建国家重点实验室。
二是加大对基础研究的持续稳定支持。出台《内蒙古自治区自然科学基金项目管理办法（试行）》，进一步规范和加强自治区自然科学基金项目管理，推进基础研究和应用基础研究对我区科技创新的源头供给和引领作用。内蒙古自治区自然科学基金总经费从每年2600万元增加到每年6000万元，是原来的2.3倍，立项数由2016年的510项增加到2021年的832项，增幅为63.13%。自治区科技厅同时与内蒙古工业大学等12家高校和科研机构建立了联合基金，累计资助项目821项，撬动依托单位直接投入资金2159万元。
三是积极争取国家资源支持。“十三五”期间，内蒙古自治区共争取国家自然科学基金项目1464个，获得国家经费资助5.45亿元。有3人获批优秀青年基金项目，实现了全区优秀青年基金项目的历史性突破；获批重点国际（地区）合作研究项目一项，填补了全区没有此类项目资助的空白。成功推动自治区正式加入国家自然科学基金区域创新发展联合基金，自治区政府和国家自然科学基金委员会以联合资助的形式，围绕内蒙古区域发展中的紧迫重大需求，吸引和集聚全国的优势科研力量开展攻关，促进跨部门、跨行业、跨区域协同创新。
经过持续努力，内蒙古基础研究工作取得显著成效。2021年，自治区科技厅对2016、2017年度已结题和2018年度提前结题的自治区自然科学基金项目成果产出情况进行分析统计，结果显示：971个项目共发表高水平论文3865篇，出版专著156部，授权专利440件，获得省部级以上科技奖励53项，培养博士后7人、博士85人、硕士1910人，取得了较好的成果。借助国家和自治区自然科学基金项目的支持，全区重点实验室和科研团队在草食家畜干细胞、电解水制氢、石墨烯、介电储能、益生菌、医疗健康等基础研究领域取得了一大批国内外领先的基础研究成果。
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