为规范和加强自然科学基金项目管理，促进基础研究事业发展，增强原始创新能力，重庆新修订并颁布实施《重庆市自然科学基金项目管理办法》。
一是完善项目资助体系，突出人才培养功能。设立面上项目（含非共识项目）、重点项目、博士后项目、市杰青项目、创新研究群体项目、创新发展联合基金等6类，成为资助体系最合理的省市之一。面上项目资助40岁以下科研人员比例不低于70%，杰青项目资助标准由每项50万元增加至100万元，更注重青年科技人才培养。
二是引导多元化投入，探索开展联合资助。对面上项目、重点项目鼓励项目依托单位部分出资或全额出资参与资助；新设立创新发展联合基金项目，引导相关市级部门、区县政府、重点龙头企业、重点园区、高等学校、科研院所、社会组织等联合资助方共同出资设立，解决区域、行业、企业的紧迫需求与关键技术难题。
三是创新组织管理模式，深化体制机制改革。指南编制阶段，建立全时段征集重大需求方向建议的机制；项目实施阶段，简化项目过程管理，实施经费使用“包干制”，赋予科研人员更大技术路线决策权和科研单位经费管理使用自主权；项目结题阶段实行项目结题备案制，对绩效评价优秀的项目可给予连续滚动资助。
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