2010年，内蒙古自治区政府与上海交通大学签署《人才与科技合作框架协议》，启动推进内蒙古支柱产业升级、培育壮大战略性新兴产业发展、推进农牧业科技创新产业化等方面科技合作。2015年、2020年，上海交通大学包头材料研究院、上海交通大学内蒙古研究院的相继落户，2019年自治区政府与上海交通大学签署科技合作协议，并以此为基础，2021年10月双方签署全面合作协议，推动校地合作进一步深化。
多年来，双方建立了长期、稳定、全面、紧密的人才与科技战略合作伙伴关系，实现了上海交通大学科技、人才优势与内蒙古资源优势的有效对接。“十三五”以来，围绕内蒙古特色产业，上海交通大学已与10个盟市开展多种形式的科技和人才合作，柔性引进了近百个专家学者团队，合作企业115家，合作项目152项，参与合作的上海交大相关学院15个，上海交通大学多项创新成果在内蒙古落地转化，极大地提高了内蒙古在相关产业领域的自主创新能力。
材料与制造领域：超高纯铝及高纯氧化铝项目、稀土特钢及其智能热制造、稀土稳定彩色氧化锆项目、稀土钛合金军民融合项目等一批填补自治区技术和产业空白的项目相继建成落地。
能源与化工领域。将可再生能源资源开发、绿色能源供应与氢燃料电池汽车产业进行有机结合，开创国内氢能装备制造产业与可再生能源开发协同发展的新模式。含盐废水处理生产线在地方企业的合作建成使用，为自治区有关地区含盐废水零排放终端处理提供了新的解决思路。
医疗及生态环境领域：与自治区相关医院合作开展临床转化，带动变革性医疗技术在内蒙古地区的层级推广，形成创新型“科技医改”新模式。依托上海交通大学药学院科研团队技术力量开发的废弃菇渣资源化技术，构建了“菇－牧－农”负碳生态循环模式，通过微生物发酵技术，将食用菌废渣转化为沙化土壤改良剂，在输出高质量农产品的同时，实现沙化土壤改良。
集聚科技创新力量。汇聚人才、技术、资本等创新资源要素的“上海交通大学呼和浩特科技创新中心”“现代农业创新中心”“临床医学转化创新中心”等一批重点校地合作、校企合作创新平台在自治区相继落地。
“十四五”期间，内蒙古将突出“生态优先、绿色发展”导向，面对高质量发展的时代课题，将继续以“科技兴蒙”行动为统领，“坚持开放合作搞创新，突出特色搞创新，抓住关键搞创新”，发挥好科技强有力的支撑作用。
内蒙古自治区与上海交通大学开启的新一轮全面合作，双方重点聚焦新材料、现代能源、生态环境、大数据、智能制造、“双碳”等内蒙古重点领域，合作开展基础研究、应用基础研究及重大科技课题协同攻关，继续加强上海交通大学内蒙古研究院及其相关创新平台建设，共同探索建立多种人才引进和培养机制，积极探索科技金融合作，打造校地合作典范。
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