企业是自主创新的主体。提高企业自主创新能力是增强区域竞争力的重要支撑，也是促进企业做大做强，转变经济增长方式的重要途径。周口市采取以下措施促进企业自主创新能力的提高：
一是加大对企业研发机构建设的扶持力度，鼓励和支持企业建立研发中心。市政府拿出600万元专项资金奖励技术创新企业，并在项目服务、行政许可等方面建立“绿色通道”，有关部门为重点企业提供便捷高效服务。
二是积极探索多种形式的产学研结合模式 ，鼓励有条件的企业与高校、科研机构建立产学研基地。以项目为依托、以技术和资本为纽带，推动企业与科研机构开展技术转让、技术入股，联合开发、风险共担的产学研合作机制。
三是注重引导，围绕优势产业和主导产品进行技术创新。近年来紧紧围绕农副产品深加工、生物工程、新材料和先进制造技术等高新技术产业进行研究和开发，促进优势产业升级和产业链延伸，加快培育新兴支柱产业。
四是强化服务，不断完善技术创新的体制机制。全市积极推进科技管理体制改革，最大限度地发挥市场配置科技资源的基础性作用。着力建立完善的科技基础平台及共享机制，完善区域性企业技术创新的评价指标体系，努力营造企业自主创新的良好环境。
通过以上措施的实施，全市企业自主创新能力明显增强。截止2007年底，全市已建成国家级工程技术研究中心2家、省级工程技术研究中心5家、企业博士后工作站4家、市级企业研发中心25家，有30多家企业与高校建立多种形式的技术合作关系。全市高新技术企业达28家，省级高新技术产品达95种。企业年专利申请量260多件，高出全省平均水平4个百分点。
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