单细胞RNA测序方法可以剖析单细胞的转录组表达，但不能保存空间信息。相反，空间转录组学可以检测剖析组织切片中的空间区域，但不具备单细胞分辨率。美国德克萨斯大学研究团队提出一种计算方法，揭示组织中单细胞转录组的空间结果。该研究近日发表在《Nature Biotechnology》上，题为：Spatial charting of single-cell transcriptomes in tissues。
研究人员开发了一个名为细胞跋涉（CellTrek）的计算方法。这种方法结合了单细胞RNA测序和空间转录组学两个数据集，通过共嵌入和度量学习方法实现单细胞的空间映射。研究人员使用模拟和原位杂交数据对细胞跋涉进行了基准测试，证明了其准确性和稳定性。然后他们将细胞跋涉应用于现有的小鼠大脑和肾脏数据集，发现细胞跋涉可以检测到不同细胞类型和细胞状态。研究人员进一步对两个乳腺导管原位癌组织进行了单细胞RNA测序和空间转录组学实验，并将这些数据应用于细胞跋涉，结果表明细胞跋涉可以识别不同导管的肿瘤亚克隆细胞类型，以及邻近肿瘤区域的特定T细胞状态。
综上所述，细胞跋涉可以准确地绘制不同组织类型中的单细胞，并以此解决其空间组织问题。细胞跋涉也可以将单细胞映射到它们在组织中的空间坐标。
论文链接：
https://www.nature.com/articles/s41587-022-01233-1
注：此研究成果摘自《Nature Biotechnology》杂志，文章内容不代表本网站观点和立场，仅供参考。
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