为支撑解决安徽省重要行业、重点产业的企业创新发展面临的重要技术难题和重大科学问题，2020年以来，省科技厅积极联合省直有关部门及大型骨干企业等，组建省自然科学基金联合基金。截至目前，安徽省科技厅已与省水利厅、省气象局、安徽皖维集团有限责任公司、国网安徽省电力公司共同出资分别设立了“水科学”“江淮气象”“先进功能膜材料”和“能源互联网”联合基金，资金总规模已达1.08亿元。
组织实施省自然科学基金联合基金项目，旨在不断引导多元化资金投入支持开展基础研究，积极探索构建“基础研究引领应用研究、应用研究倒逼基础研究”工作机制。在已组建的联合基金中，“能源互联网”“水科学”“江淮气象”“先进功能膜材料”联合基金将分别重点聚焦坚强智能电网和泛在电力物联网等相关领域，水旱灾害频发、水资源紧缺、水生态损害和水环境污染等新老水问题，流域水文气象、灾害性天气监测预警及综合气象探测等前沿新技术开发和高端功能膜产品（技术）等研究开发。
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