部区会商是科技部与地方政府共同围绕落实国家战略部署和服务地方发展需求，就科技创新重点工作深入协商、形成共识、集聚资源、合力推进的一项工作制度。我区与科技部2008年建立部区会商制度，先后签定了两轮部区工作会商制度议定书，成功召开了5次部区工作会商会议，实施了57项议题。会商已成为双方共同落实中央决策部署的重要抓手，加快我区创新驱动战略发展的重要机制和重大平台。
会商以来，科技部与我区政府共同从政策、机制、资金、项目、技术、人才、开放合作等多个方面综合发力，推动全区科技创新不断取得新突破、新成效。科技部指导我区建立了东西部科技合作机制，成立了以部区主要领导为组长的“科技支宁”东西部合作协调领导小组，召开了两次“科技支宁”东西部合作推进会，批复支持我区建设东西部科技合作引领区，我区3项改革案例入选了全国科技体制改革典型案例，与宁夏建立了国家区域创新发展联合基金。批准建成了中国-阿拉伯技术转移中心，双方共同举办了四届中阿博览会科技创新大会、高新技术展，有力地推动了我区与“一带一路”沿线国家和地区的科技合作交流。布局建设了国家技术转移人才培养基地、国家级科技与文化融合示范基地等一批国家级科技园区、科技创新平台和国际科技合作基地，显著提升了全区科技创新支撑能力。特别是聚焦现代煤化工、清洁能源、新型材料、优势特色农业、装备制造等特色产业高质量发展和“三区”人才建设，组织实施了3000余项科研项目，累计支持科研资金20多亿元，催生了一大批科技创新成果，有力地促进了宁夏产业向高端化、绿色化、智能化、融合化方向发展。
在部区会商的推动下，我区综合科技创新水平指数达到56.83%，迈入全国二类创新地区。2019年我区科技创新2项工作受到国务院表彰奖励，成为宁夏科技事业发展历程上的首次。
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