近期，国务院批复同意将我区昌吉国家农业科技园区建设为昌吉国家农业高新技术产业示范区，纳入国家农业高新技术产业示范区范畴管理并享受相关政策。昌吉国家农高区是新疆获批的首家国家农高区，也是此次入选的5家第二批国家农高区西部地区唯一一家。
批复要求昌吉国家农业高新技术产业示范区以干旱荒漠绿洲农业为主题，以棉花为主导产业，建设具有国际影响力的棉花科技创新高地、全国绿洲农业科技引领区、农业农村创新创业示范区、乡村产业融合发展样板区、“一带一路”农业开放发展试验区，在棉花全产业链科技创新、农业生物育种、绿洲农业高质量发展和一二三产业深度融合等方面探索示范，努力创造出可复制、可推广的经验。
昌吉国家农高区前身是2002年科技部批准建设的昌吉国家农业科技园区，园区以棉花、现代种业、农产品精深加工为主导产业，重点打造棉花高效种植、生物育种、农产品精深加工、智慧农业、销售物流全产业链条的高新技术产业体系。聚集各类企业2000余家，其中高新技术企业13家，2021年实现产值362.3亿元，其中农业高新技术产业总产值74.5亿元，占总产值的20.6%。
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