科技创新基地是根据科学前沿发展、国家战略需求以及产业创新发展需要，开展基础研究、行业产业共性关键技术研发、科技成果转化及产业化、科技资源共享服务等科技创新活动的重要载体，是国家和区域创新体系的重要组成部分，是西藏自治区实现科技强区服务“四件大事”和“四个创建”奋斗目标的重要支撑。截止目前，全区建有省部共建青稞牦牛种质资源与遗产改良国家重点实验室1家，藏文信息技术与人工智能实验室、雷电监测与电网防护技术实验室、高原草业工程技术研究中心等自治区重点实验室和工程技术研究中心36家；国家川藏铁路技术创新中心1家，水风光储能源技术创新中心、战略性矿产绿色勘查与开发技术创新中心等自治区级技术创新中心4家；高原病临床医学研究中心、藏医风湿病临床医学研究中心等自治区级临床医学研究中心4家；拉萨农田生态系统、羊八井宇宙线、珠峰特殊大气过程与环境变化等国家级野外科学观测研究站9家。同时，建有林芝国家可持续发展实验区1个，拉萨、日喀则、那曲、林芝等国家农业科技园区4个，拉萨国家创新型城市1个，白朗国家创新型县市1个。
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