近日,内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室教授张和平团队在《Science Bulletin》(《科学通报》)发表了题为“The iLABdb: a web-based integrated lactic acid bacteria database”的文章,发布了基于Web的综合乳酸菌基因组数据库——iLABdb(https://www.imhpc.com/iLABdb),建成了全球最大的乳酸菌基因组、功能研究数据共享数据库和平台iLABdb。张和平教授为该文的通讯作者,内蒙古农业大学在站博士后靳昊、博士研究生马腾、海南大学陈琳为共同第一作者。
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乳酸菌作为微生物领域重要战略资源,已在食品、工业、医疗、健康、农业和生态保护等多个领域得到了广泛应用。但由于其系统发育关系的复杂性以及菌株间功能和代谢的巨大差异性,乳酸菌系统研究和应用开发面临着巨大挑战。传统实验方法难以满足对乳酸菌深入研究和高效挖掘的需求,限制了乳酸菌开发利用效率。因此,全球学术界和产业界亟需收集并整合乳酸菌遗传资源,构建多样化乳酸菌种质资源库,借助生物信息学前沿技术和先进数据分析算法,建立高效挖掘乳酸菌资源的数据共享平台,满足乳酸菌在不同领域研究和应用需求,推动乳酸菌相关产业进一步发展。
张和平团队历时三十余载,建成全球最大、种类最全的原创性乳酸菌种质资源库,分离保藏乳酸菌4.7万余株,为乳酸菌研究和利用提供了不可或缺的珍贵资源。该数据库不仅整合了超过62000个乳酸菌基因组及相关元数据信息,还提供了关于乳酸菌序列分析、可视化和数据共享工具,收录了益生乳酸菌临床干预研究文献。据张和平教授介绍,团队计划扩大数据的覆盖范围,纳入更多的乳酸菌相关基因组和与健康相关的临床研究数据,到今年年底完成2万株,2024年达成3万株乳酸菌分离株的基因组测序工作,提前达成“万株乳酸菌基因组计划”既定量级目标。随着乳酸菌资源的深度开发和应用以及不断扩充与完善,iLABdb 2.0版将实现对乳酸菌遗传特性、遗传潜力和进化溯源的深入分析,3.0版将基于人工智能实现更广泛、更深入、更聚焦的乳酸菌功能预测。
乳酸菌作为与人类文明紧密相连的微生物,其深入研究与应用开发对推动相关产业创新发展具有巨大价值。该重大成果的发布,为全球乳酸菌研究与产业进步开启了新篇章,标志着我国在这一领域的研究迈向了新的里程碑。iLABdb数据库有助于研究人员更准确地识别菌株遗传背景,直观地探索乳酸菌基因组中关键功能区域,高效地分析乳酸菌功能特性和潜在应用价值,并为国内外乳酸菌研究机构和企业提供合作交流重要平台,不断促进国际技术交流合作,推动乳酸菌相关产业技术创新和可持续发展。
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