近年来，济宁高新区以园区管理体制机制改革为抓手，重构“一区多园”布局、推动政企合作、细化配套举措，推动园区组织架构、运营模式、协作体系、激励机制耦合发力，推动产业高质量发展，激发园区发展活力。
济宁高新区围绕产业规划优化园区布局和机构设置，健全“一区多园”管理模式。按照“产业链+专业园”集群培育理念，对园区进行整合撤并、转型升级，最大程度整合优势资源。明确各园区的主导产业和发展方向，强化集约用地导向，划定物理空间和管辖范围，健全错位发展、竞相突破的“一区多园”发展格局。
聚焦专业高效运营目标，济宁高新区完善“党工委(管委会)+公司”体制，以协同化、市场化、专业化运营赋能园区建设，促进政企分开、政资分开。优化职能分工，建立协同化为导向的政企协作机制。推动国企改革，建立市场化为导向的运营管理机制。优化资源配置，建立一体化要素保障机制。2023年以来，成功推动小松全球智能制造产业基地项目、长城新能源工程机械总部基地项目签约落地。截至2023年年底，依托蓼河国际英才港新招引外国高端及专业人才56人，为园区建设提供全方位的产业、创新、人才、技术、资本支撑。
为进一步优化协作体系，济宁高新区构建系统完备、科学规范、运行高效的职能体系，汇聚园区共建共治合力。按照区划分类，实行清单管理，形成内部深度融合、外部高效配合的职能运行格局。按照职能分类，统筹经济社会事务。按照企业分类，合理分配管理任务。按照责任主体分类，明确主办协办关系。济宁高新区建立权责对等、利益共享、协同联动、监督制约等激励机制。健全绩效考核机制，强化制度约束。健全利益共享机制，推动主动履职。健全人事管理机制，强化监督制约。健全权责对等机制，打通管理壁垒，切实提高管理成效。
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