围绕服务长江大保护，扬子江生态文明创新中心通过建立“中心—加盟研究所—工程化研究中心”的共建模式，重点打造深度融合的高水平科技创新平台，助力解决重化围江、长江生态修复、绿色产业发展等关键问题。
一是打造绿色产业创新集群。扬子江中心整合32家生态环保相关领域新型研发机构作为加盟所和预备加盟所，打造绿色创新技术的聚集地和输出地。引进设计仿真、智能制造、信息技术等领域12家新型研发机构作为工程化研究中心，推动绿色技术成果产业化。目前集聚的44家新型研发机构中，有17家加盟所、15家预备加盟所和12家工程化研究中心，近30名中外院士、千余名科研人员开展创新合作。
二是加大关键核心技术攻关力度。面对破解重化围江、污水治理、生态安全等“卡脖子”技术问题，中心牵头组织加盟所和工程化研究中心进行技术攻关。目前，微界面强化反应技术、eDNA精准生物监测技术、工业烟气超低排放及资源化技术、活化过硫酸盐土壤修复技术等一批绿色技术已较为成熟，服务于国内外诸多应用场景。
三是推动技术成果转化应用。中心加盟所南京大学江宁环保技术创新研究院开发的创新技术项目采用以磁性树脂和无碳源同步脱氮除磷技术为核心的水质深度净化技术，可有效破解城市“黑臭水体”顽疾，该技术已成功运用到位于江宁区秦淮新河河畔的曹村泵站。中心加盟所南京信大气象科学技术研究院研发的长江区域快速更新高精细化预报系统、新材料园区大气追踪与应急预防平台等系统，已服务于长江大保护和长江经济带高质量发展。工程化研究中心南京大学传感与成像技术研究院联合传统环保行业优势单位，共同开发了生态眼水质应急保障和长效治理服务，短期定向治理污染团（带），长期推进流域生态环境的精准治理。目前，“生态眼”建设单位已与江苏、浙江、安徽等地生态环境部门开展深度合作，取得良好的应用效果。
四是营造金融赋能良好生态。扬子江中心绿色低碳创投基金于2020年11月成功签约，首批募集资金2亿元，通过市场化运作，重点为加盟所及其孵化企业提供资本支持和投后赋能服务。2021年1月，扬子江中心与南京银行建立战略合作关系，为中心加盟所分别提供3000万元授信额度，并在5年内为扬子江中心累计提供100亿元意向性融资额度。
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