昌吉高新区前身为成立于1992年的昌吉经济技术开发区，2000年批准为省级高新区，主要发展区域为昌吉市乌伊公路以南、长宁南路以西11.26平方公里。2006年，经州市党委、政府决定，将昌吉工业园榆树沟区域34平方公里的三角地带作为昌吉高新区拓展区发展工业项目。2010年9月，经国务院批准升格为国家级高新区。2012年，经州党委、政府研究决定，将榆树沟镇纳入高新区规划范围，目前辖区总面积为426平方公里，其中起步区34平方公里、近中期规划建设面积54平方公里。
近年来，昌吉国家高新区按照自治州主体功能区规划和产业转型升级意见，突出“主导产业快速增长、科技金融不断创新、区镇一体化加快推进、投资服务环境持续优化”四大任务，先后创建为国家级新型工业化产业示范基地、国家输变电装备高新技术产业化基地、国家现代节水材料高新技术产业化基地、国家农副产品加工示范基地、国家级科技孵化器，自治区循环经济试点园区。2016年高新区（新区）全年完成工业总产值171.1亿元，工业增加值35.22亿元；完成固定资产投资42.16亿元；实现招商引资到位资130亿元；完成地方财政收入4.78亿元，其中公共财政收入2.4亿元。在全国116个国家级高新区综合实力排名第76名。
区位优越、交通便利。昌吉国家高新技术产业开发区地处“丝绸之路”经济带和国家“乌昌石”城市群战略核心区域，距乌鲁木齐市中心49公里，乌鲁木齐国际机场38公里。第二座亚欧大陆桥铁路、S115、S201、乌奎高速公路穿境而过。是连接天山南北、沟通新疆与内地的重要交通枢纽，是连接中西亚及欧洲市场的黄金枢纽和桥头堡。随着乌昌大道的建成和乌昌城际轻轨项目的启动，昌吉国家高新技术产业开发区将形成航空、铁路、高速公路等现代交通方式一体的大交通、大流通格局，成为乌昌半小时经济圈创新创业、产业聚集、低碳循环的重要基地。
经济活跃、潜力巨大。初步形成以54平方公里榆树沟新区为主、以昌吉市11.26平方公里建成区为辅的一体两翼发展模式。截至目前，入驻企业已达466家，其中规模以上企业73家，培育麦趣尔、天山生物2家上市公司，培育年销售收入超亿元企业43家。初步形成以特变电工、新华能、徐工海虹、郑煤机潞新公司为代表的先进装备制造产业集群；以蓝山屯河、西部节水、众豪钒业、新铝铝业为代表的新材料产业群；以麦趣尔、金鑫生物、上好佳、娃哈哈、汇源果汁为代表的生物科技产业群。三大主导产业工业产值占到工业总产值的75%。
环境优美、设施完善。按照“制造服务分离、关联功能集中、产业专业集聚、土地集约利用”发展原则，以打造“科技之城”、“创业之区”、“宜居之地”三位一体的产业新城为目标，委托新加坡邦城公司编制126平方公里概念规划，委托新疆建筑设计院编制《总体规划》、《54平方公里控制性详规》，高起点、高标准在戈壁荒滩上打造出了产业新城雏形。五年累计投入超20亿资金建设“三大组团”，即以高新区科技大厦、人才大厦、会展中心等为代表的中央商务区CBD组团，以昌吉职业技术学院、徐工集团技校为代表的科技教育组团，以榆树沟镇集中搬迁居住区和高新区生活区为代表的区镇城市一体化生活组团。截至目前，累计修建道路120余公里，敷设各类管网245公里，34平方公里起步区已全面实现“九通一平”。自来水厂、污水处理厂、天然气母站全部建成，日处理污水能力3万方、日供水能力5万方、共配套完成绿化面积51.8公顷。
科技引路、创新发展。制定《关于加快高新技术产业发展的实施意见》，设立5000万元高新技术产业发展基金，创建为国家高新技术企业一次性奖励100万元。加快创新创业、科技孵化、“双高”培育、检验检测、科技合作、科技金融六大平台建设，总投资1亿元建设面积为5.18万平方米的小微企业创业园、总投资1.8亿元的科技大厦和人才大厦基本建成，会展中心主体完工。已成功创建国家级科技孵化器，引进中介机构7家，新入孵企业32家，累计毕业25家。总投资30亿元的自治区国家检测检验中心基本建成。新疆国家大学科技园高新区分园、职教城商业中心大学生创业基地挂牌运行。培育高新技术企业33家，占全州35%昌吉市59%。鼓励引导企业创建国家名牌6个，新疆名牌38个，数量全州第一。深化职教联盟合作层次，积极搭建产学研合作平台，培育国家和区州级企业技术中心、工程技术研究中心39家。推进科技金融融合发展，“四位一体”融资贷款模式有效运行，参股国家科技援疆基金，新成立担保公司和小额贷款公司各1家，入驻金融机构7家，与14家商业银行建立了长期合作协议，开发20余种金融产品。
“十三五”期间，昌吉国家高新区将深入贯彻习近平总书记系列重要讲话精神，以社会稳定和长治久安为总目标，以“花儿昌吉”为总引领，牢固树立建设“自己的家”的理念，抢抓丝绸之路创新驱动发展实验区这一机遇，坚持打造要素成本的洼地、科教人才的高地，以建设“天山慧谷、援疆小镇、产业新城”为目标，突出“投资带动、人气拉动、科教推动、效能促动”，全力实现发展绿色化、要素集聚化、产业集群化、区镇一体化和产城融合化“五化”，把昌吉高新区建成一个自然与城市互动、产业与居住平衡、旅游康养与园区开发共赢的智慧经济合作城。
为实现上述奋斗目标，昌吉国家高新区将肩负新使命、展现新作为，按照“一都”（丝路智造之都）、“两城”（特变电工科技城、蓝山屯河科技城）、“三园”（生物科技产业园、检验检测产业园、幸福经济产业园）、“四区”（援疆产业承载区、高新产业聚集区、开放合作引领区、创新驱动试验区）的布局，全面构建“456”产业体系，即做大装备制造、生物科技、新型材料、现代服务四个主导产业的规模扩张，电子信息、高效节水、节能环保、特色轻工、新能源五个新兴产业的应用示范，做开检验检测、职业教育、商贸物流、通用航空、金融服务、旅游康养六个服务产业的布局谋篇，把昌吉高新区建成眼前为之一亮、精神为之一振的全疆一流园区。
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