为促进产业转型升级，围绕主导产业和各市首位产业，安徽皖江示范区强化科技支撑，实施自主创新重大专项。 2014年，示范区科技型中小企业110个项目获得国家创新基金立项，国家财政支持经费9382万元；172个项目获省科技攻关立项支持；349个项目获省自然科学基金立项支持。同时，高新技术企业队伍不断壮大。截至去年底，皖江示范区拥有高新技术企业1814家，占全省的76.8%，获国家新认定批复547家，占全省的79%；拥有创新型企业248家，占全省的67%。
皖江示范区围绕产业链部署创新链，抓产业关键技术攻关，抓企业创新能力提升，抓重大科技成果转化，抓体制机制改革创新，推动产业向中高端发展，承接产业转移质量和水平不断提高。去年以来，安徽省运用创新型试点省和合芜蚌自主创新综合试验区建设两大平台，实施创新驱动发展战略，推动示范区成为产业升级和自主创新的新高地。去年1月至11月，示范区战略性新兴产业产值达到5798.8亿元，增长23.5%，高于全省0.5个百分点。前10个月,示范区高新技术产业产值9063.6亿元，增长15.7%；累计授权专利2.9万件，占全省73%。
示范区加快推动重大科技成果转化。中科大先进技术研究院建设进展迅速，截至目前已与微软、阿里巴巴等企业共建32家研发中心，孵化83家创新企业，院内创新单元数量达到115家，引进注册资金2.93亿元；集聚各类人才400多人。合肥、芜湖市新能源汽车示范推广工作推进不断加强，合肥市在全国推广应用城市(群)中位列前茅，推广进度排名全国第一。
此外，皖江示范区高新技术转化应用示范基地建设不断提速。去年新增铜陵狮子山高新技术产业开发区、青阳机械基础件高新技术产业基地，新增21家科技企业孵化器和2家生产力促进中心。截至目前，皖江示范区拥有各类高新技术产业基地30家，占全省的63%；拥有科技企业孵化器63家，占全省的74%；拥有生产力促进中心83家，占全省的65%。
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