近年来，浦口经济开发区深化改革，逐步完善体制机制，坚持创新驱动发展，不断激发内生动力。
一是优化机构职能设置。研究制定《浦口经济开发区管理体制机制改革方案》，确立了领导班子，部门负责人，工作人员三级“扁平化”管理框架，最大限度减少层级、精简机构。
二是创新建设运营模式。在政企分离的基础上，推行全员聘用制，建立灵活高效、激励竞争的市场化选人用人机制，对子公司进行实体化、市场化运作，逐步健全子公司管理制度、强化经营职能。
三是促进整合优化发展。将科学城、七坝港、桥林新城原有行政板块化运作方式转变为实体化子公司运作模式，推进天弘源、高投、低碳谷、环保产业园等子公司实体化运营，对桥林新城建设公司采取项目部管理模式，形成“一区多园”的发展格局。
四是加快土地集约利用。高质量开展土地管理工作，2020年在全省83个省级工业主导开发区土地集约利用评比中位列第8，居南京市第1，较2019年提升75位。按照“整合园区、盘活存量、低端退出、转型升级”的原则，建立低效土地回收机制，完成2个产业园项目资产回收。
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