《实施意见》提出的总体目标是：建立健全县（区）科技公共服务体系，加强科技人才队伍建设，提高县（区）科技投入水平，增强县（区）科技成果推广和转化能力、科技引领地方经济社会发展能力、科技工作自身管理能力，依靠科技进步促进县（区）经济社会的协调、可持续发展。“十一五”期间，建成县（区）科技信息服务平台；培育10家产值超5000万元科技型农业加工企业（集团）；培育100家高新技术企业、100项高新技术产品；建立10个科技创新示范乡镇；培育20个农业科技专家大院；扶持50家特色专业合作组织建设；引导支持50名科技特派员创新创业；转化推广100项先进适用技术；培训1000名农村科技致富带头人。
《实施意见》明确了组织实施重点科技专项和示范工程，促进县（区）经济社会发展科技支撑能力的具体工作。一是实施农产品精深加工及综合利用专项，提升农产品附加值。二是实施科技创新示范乡镇，促进新农村建设。三是实施农村科技信息化示范工程，提升县（区）科技信息服务能力。四是实施农业科技成果转化资金项目，推动农业科技成果产业化。五是实施星火富民科技工程，加快科技服务体系建设。六是积极扶持和发展科技型中小企业，促进县（区）特色产业聚集。七是加速科学普及工作，提高人民群众的科学文化素质。
《实施意见》同时强调了实现总体目标采取的具体措施。一是创新机制，探索市场经济条件下县（区）科技工作的有效模式。鼓励科技人员与农民、企业结成利益共同体，大力推广“公司+基地+农户”、“农业科技专家大院”、“农业科技服务110”、“科技特派员”等成功模式和经验。二是加大投入，形成多元化科技投入体制。“十一五”期未，县（区）级应用技术研究与开发资金（科技三项经费）占财政预算支出的比例要达1.5%以上，R&D支出占县（区）GDP比重的3%以上。三是优化环境，充分调动科技人才创新创业积极性。要求各县（区）相关部门要建立科技人才激励机制，表彰、奖励优秀科技人员，重奖有突出贡献的科技人员。四是健全机构，充分发挥县（区）科技主管部门的职能作用。要求县（区）科技管理部门要在党委、政府的领导和支持下，勇于开拓创新，坚持求真务实，当好参谋、做好助手、搞好服务，提高工作水平和服务能力。五是狠抓落实，加大科技进步目标考核工作力度。继续推行县（区）党政领导科技进步目标责任制考核，重点对科技管理队伍、科技投入、科技服务体系、科普设施和企业创新能力等情况进行考核。
