全椒县近年来切实将自主创新工作作为推动经济结构调整、提高县域经济综合竞争力的中心环节来抓，在不断提高全社会对自主创新工作的认识、增强全社会自主创新意识的同时，注重自主创新体系的进一步完善。
进一步完善自主创新政策支撑体系。该县先后制定了《加快民营科技企业的决定》《专利费用资助和专利授权奖励办法》《关于加快推进工业强县战略的实施意见》等支持企业自主创新方面的系列文件，鼓励、支持企业开展科技创新活动。
进一步完善自主创新人才支撑体系。为进一步加强专业型、创新型人才的培养和引进工作，创新科技人才管理方法，县委、县政府先后制定了《全椒县科学技术进步奖励办法》等一系列文件，开展优秀人才选拔推荐工作，实施引博工程。
进一步完善产学研合作体系。近年来，该县工业企业增强了产学研合作力度，加快了产学研合作步伐,提高了企业的技术创新能力。全柴动力股份有限公司与德国ELSBETT公司、BOSCH公司、上海内燃机研究所合作，采用国际先进的电控、高压共轨、增压中冷等先进技术，研发了具有自主知识产权，达到欧Ⅲ排放标准的4D22E型车用柴油发动机。该项目被国家科技部和安徽省科技厅列入科技部“国际合作项目”和安徽省2008年“重大科技攻关计划”，分别获批项目资金200万元和100万元。
