2008年12月31日，国家人力资源和社会保障部、科技部联合发文，授予全国100个单位“全国科技管理系统先进集体”荣誉称号，合肥市科技局首次荣获“全国科技管理系统先进集体”荣誉称号。
2004年11月合肥市被科技部批准为全国首个科技创新型试点市，近三年多来，在省委、省政府的直接领导下，在国家有关部委的大力支持下，紧紧抓住试点市建设契机，坚持以科技创新支撑和引领“工业立市”战略实施，大力推动结构调整，着力探索创新型城市发展道路，实现了全市经济社会又好又快发展。城市综合实力进一步增强。全市科技创新工作总体呈现投入增加、实力增强、贡献提升、环境优化的良性发展态势，连续五次被评为“全国科技进步先进市”和“全国科技进步示范市”，成为国家知识产权示范城市创建市。2007年，获得国家科技进步奖4项，安徽省科技进步奖108项；全市6个县、区通过了全国科技进步考核，其中5个被评为“全国科技进步先进县区”，科技创新型试点市建设取得重要进展，区域创新体系初步形成。
