近年来，界首市科技局以重大项目建设为抓手，扎实推进科技工作，促进战略性新兴产业快速发展，为全市经济结构的优化调整起到了明显支撑作用。
在众多类型的科技项目中，界首市尤其重视国家科技型中小企业创新基金项目的申报和实施。2008年至今，该市先后争取科技型中小企业创新基金项目15个，直接争取资金1547万元，拉动研发投入8650万元，均为阜阳市最高。转化科技成果47项，获得集成创新成果15个，组织申报国家专利212项（其中发明专利43项），开发安徽省高新技术产品28个，获批安徽省工程技术中心3个，国家级创新型试点企业1家，安徽省高新技术企业8家，省创新型企业5家，安徽省创新联盟1个。
界首市的中小企业创新基金项目，普遍紧紧围绕生物技术、新材料、节能环保、粮食减损仓储运输装备制造等战略性新兴产业做文章，不但推动了企业的技术进步，而且做到与地方经济紧密结合，支撑了战略性新兴产业的上档升级、快速发展。
如安徽省华信生物药业股份有限公司，2008年起先后实施“硒尔康胶囊新工艺”、“富硒酵母”两个国家级创新基金项目，与北京大学、中国药科大学、浙江大学、华中科技大学、合肥工业大学等6家高等学校合作，引进、培养创新人才118名，发挥协同创新的优势，组建了以企业为主体省创新联盟。几年来，先后承担国家“863”计划1个，争取省科技攻关项目4个，获得国家专利49项，其中发明专利6项，使该企业荣升为国家级创新型试点企业。该企业2012年实现营销收入4.78亿元，利税1.25亿元，分别较项目实施前增长4.9倍、5.1倍。
2012年，界首市实施中小企业创新基金项目的企业新增营销收入135696万元，利税27000万元，分别占界首企业营销收入的7.0%和全市工业利税的7.8%。
