根据《国务院关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》、《国务院印发关于深化中央财政科技计划（专项、基金等）管理改革方案的通知》的要求，我区出台的《关于改进加强自治区财政科技项目和资金管理的意见》（新财教[2016]14号）和《新疆维吾尔自治区科技计划（专项、基金等）项目管理办法（暂行）》（以下简称《项目管理办法》），结合自治区实际情况，制定了《新疆维吾尔自治区重大科技专项实施细则（暂行）》（以下简称《重大专项细则》）和《新疆维吾尔自治区重点研发任务专项实施细则（暂行）》（以下简称《重点研发专项细则》，对自治区重大科技专项和自治区重点研发任务专项的管理和实施给予进一步的明确，提高自治区重大专项和重点研发任务专项管理的科学化、规范化和精细化水平。
《重大专项细则》有四章十五条，包括总则、管理制度、立项和管理、附则等，是专门针对重大科技专项的立项和实施特点，将有别于其它计划项目在管理上需要遵照的规定进一步明确。《重大专项细则》中明确要建立重大专项协调领导小组，这个小组的成员单位涉及多个委办厅局，这是进一步推进重大专项聚焦自治区重大产业发展部署、聚焦丝绸之路经济带核心区建设重大任务、聚焦解决民生和增加就业重大需求，聚焦具有全局性影响、带动性强的关键共性技术突破的重要举措。《重大专项细则》中确定对重大专项实施项目监理制度，以“第三方”监督的方式促进重大专项的稳步实施。《重大专项细则》中还专门对重大专项的立项条件予以明确，尤其是在申报单位上要求以企业为申报主体，科研院所、高等院校等其他单位为项目写作单位的产学研联合方式申报，这是进一步引导企业成为技术创新决策、投入、组织和成果转化的主体的重要举措，也是从政策层面鼓励以企业为主体的产学研合作模式的建立。
《重点研发专项细则》有四章十二条，包括总则、立项管理、管理制度等，是针对计划体系改革后的自治区重点研发任务专项的管理进行进一步明确和细化的管理办法。其中对重点研发任务专项的定位、任务等都给予明确。《重点研发专项细则》在申报上也鼓励由企业牵头、科研院所、高等院校等单位进行产学研联合申报，且规定了按照全产业链设计的项目需由一家单位联合若干家单位按项目整体申报，项目内容要覆盖该项目指南的所有考核指标。
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