自2009年以来，合肥市每年修订出台自主创新政策，市本级累计投入17亿元，争取上级资金累计上百亿元，推动科技创新。为能够最大功效使用创新资金，合肥市不断探索改革管理方式，促进监管服务“两融合”，推进自主创新政策“阳光透明”兑现。
一是实行上下联动。全面承接省创新驱动“1+6”政策，制定出台市促进自主创新政策，跟踪落实县（市）区、开发区配套创新政策，从项目申报推荐、合同约定、绩效考评等方面，明确各方责任，全方位建立上下联动机制。
二是改革评审机制。对2014省科技计划项目首次委托南京专家开展异地评审。在省创新人才团队、市自主创新“借转补”等项目评审中，采取委托第三方评审、纸质文档审查与实地走访考察相结合的方式，提高立项项目的公正性和科学性。
三是实现三级审核。制定出台《合肥市自主创新政策兑现审核管理办法》，确立了“第三方审核”、“科技局办公会审核”、“市直部门联合审核”三级审核制度，在管理各环节留下处理痕迹并长期保存，可查询、可追溯，强化管理责任追究。
