近年来，亳州市坚持以经济建设为中心，紧紧抓住第一生产力不动摇，大力实施创新发展战略，加快推进科技协同创新，带动了现代中药、“互联网+”等一些重要领域的科技创新，科技创新事业呈现出良好的发展态势。
科技创新活动日趋活跃。目前，全市共有技术转移中心3个（浙大、合工大、安农大）、产业技术创新战略联盟2个（中药材产业技术创新战略联盟、安徽省小麦加工产业技术创新战略联盟），院士工作站5个（中药类院士工作站1个、生物类院士工作站3个、金刚石院士工作站1个），积极促进了清华大学、浙江大学等知名院校来亳州开展科技成果推介活动，2014年完成技术合同登记交易额2300万元。
科技创新能力加速提升。目前，全市共有国家级工程研究中心2个、省级企业技术中心7个、省级工程技术研究中心8个。2014年，全市有效授权发明专利240件、增长23.7%，万人有效发明专利拥有量为0.48件、增长23.08%。今年1-6月份，共申请发明专利331件、同比增长20.8%，授权发明专利123件、同比增长173.3%。2013-2014年，全市共申请专利3695件、授权专利1879件，有7项成果先后获国家和省级表彰奖励。
高新技术产业快速发展。2014年，全市高新技术产业增加值58.8亿元，是2012年的1.4倍，较2013年增长15.2%；新获批国家火炬计划重点高新技术企业1家、高新技术企业7家、省级创新型试点企业9家、省级民营科技企业7家、省级工程技术研究中心4家。截至目前，全市共有高新技术企业31家（其中国家火炬计划重点高新技术企业4家）、省级民营科技企业58家。
