特色产业是阜阳市具有核心竞争优势极具发展支撑的支柱主导产业。近年来，阜阳市在积极培育生物医药、食品加工、有色金属回收利用、工艺品加工等特色产业发展的同时，突出发挥科技创新的引领和带动作用，注重产业关键共性技术攻关，加强创新平台建设，推进产学研联合和成果转让，构建产业联盟，显著提升了阜阳市特色产业创新能力。
一是生物医药产业科技创新能力凸显。太和县生物医药产业集聚区已经形成较为完备的现代生物医药产业体系，并被列入安徽省首批14个战略性新兴产业集聚发展基地之一，太和医药高端制剂特色产业基地被列入国家火炬计划。基地内有生物医药制造企业135家，其中骨干企业57家，医药高新技术企业8家，产值超亿元企业19家。拥有省级研发转化机构和企业内设创新平台共17家，省级工程中心2家，省级企业技术中心4家，省级生产力促进中心1家，省级新药研究院2家，高新技术企业8家。拥有授权专利267件，新产品148个，其中，高新技术产品42个，形成了较为完善的创新平台和服务体系。2015年度实现医药工业企业产值突破百亿元，医药市场销售收入超过200亿，单体市场销售额连续十年位居全国第一。
二是有色金属回收冶炼产业创新基础扎实。界首市循环经济园区坚持以创新求生存，以创新求发展，全力实施“双改两新”（技改、改制和新工艺、新产品）战略，组建创新团队，计提研发经费用，在节能减排、环境保护、清洁生产等方面不断创新，形成研发一代、储备一代、生产一代三级研发体系，极大提升了工艺水平和核心竞争力，走出了独具特色的循环经济发展新路子。目前园区拥有省级高新技术企业3家、省创新型企业2家、已入库培育高新技术企业4家，获批组建安徽再生铅产业工程中心1个，安徽省企业技术中心1个，企业与大专院校科研院所签订产学研合作技术创新联盟协议8家，共聘请环保、冶金等有关单位16位高级技术人员参与技术攻关，已获发明专利22项，实用新型专利100多项，园区的整体实力和科技创新能力位居全国前列，形成了“进来一只旧电瓶、出去一只新电瓶”的闭合式产业链，催生了一座丰富的“城市矿山”。目前，田营园区年回收废旧电瓶45万吨，通过冶炼加工生产再生铅33万吨，可每年为国家节省3000多万吨铅矿石，相当于少建了10个大型铅矿开采企业，使我国铅自给寿命由10年延长至50年。
三是食品加工业依托创新形成规模集群优势。阜阳市颍东区食品产业园紧紧围绕“规模、结构、合作、转化”八字方针，积极引导农产品加工企业与科研机构、知名大学加强产学研合作，提高研发水平，攻关关键技术，提升产品品质。大力引进健康产业企业入驻，力促园区由一般农产品加工向健康产业发展方向转变，提升园区品质和竞争力。目前，园区农产品加工业已初步形成了面粉、休闲食品、肉食品、调味品、饮品等五大体系，有力推进了一二三产业融合发展。安徽一诚食品公司皖麦深加工项目获2015年省科技重大专项支持。2015年实现农副产品加工总产值突破百亿元大关，达到108.8亿元，较上年增长23%。
四是柳木文化产业已经形成知名品牌走向世界。阜南柳编历史文化源远流长，有近千年的发展历程。经过不懈的产品创新、工艺创新、文化创新，阜南柳编已发展成柳编、家居、工艺、装饰四大系列两万多个品种，生产方式也从过去的纯手工编制向半机械化过度，产品由生产、生活用具向家居、工艺品、装饰品、艺术品转型，产业规模进一步壮大，拥有了“国家非物质文化遗产”、“国家级地理标志产品”、“中国柳编之都”三个国家级金子招牌，柳木文化产品外向度高、知名度、美誉度进一步提高，产品远销北美、西欧、东亚、东南亚及港、澳、台等120多个国家和地区。“阜南柳编”已经成为阜阳一道靓丽的名片。阜南全县共有柳木加工企业140家，其中柳编企业48家，实现产值近50亿元，出口创汇近3亿美元，每年柳木加工为农民增加收入4.5亿元，带动近15多万人就业。
